In erster Linie geht es darum, das der Junge Gon Freeces ein Hunter werden will um seinen lang verschollenen Vater zu finden. Bei der Prüfung, die viele verschiedene Abschnitte hat, trifft Gon auf seine drei Zukünftigen Freunde, Killua, Kurapika und Leorio.

Während dieser Prüfung trifft er allerdings auch einige Feinde wie Hisoka, den er dann ab der Himmelsarena versucht einmal zu schlagen. Diese Hunterprüfung bestehen Gon, Kurapika und Leorio dann zum Glück, nur Killua hat es leider nicht geschafft, weil er gegen die Regeln verstoßen hat und eine Person umgebracht hat.

Darauf hin ging Killua nach hause, ob es freiwillig oder nicht war wusste Gon nicht, weswegen er sich auf den weg machte seinen besten Freund zu besuchen und eventuell zu retten, was er auch schaffte.

Danach besuchten Gon und Killua alleine die Himmelsarena wo sie dann die Fähigkeit bekommen Nen zu beherrschen. Durch diese "Hilfe" schafften sie es dort einige Gegner zu besiegen und auch einiges an Geld zu verdienen. In dieser Zeit lernten auch Kurapika und Leorio Nen zu beherrschen.

Nachdem Gon einen Hinweis darauf bekam wo sich sein Vater eventuell befinden könnte, machte er sich mit seinen drei Freunden auf den Weg nach Yorkshin City wo er sich erhofft auf einer Auktion das sehr limitierte Spiel Greed island zu bekommen. Das Spiel kostete leider viel zu viel weshalb er eine andere Möglichkeit brauchte in dieses Spiel zu kommen. Er und Killua (die anderen beiden Freunde waren mit etwas anderem beschäftigt) fanden aber zum Glück ienen anderen Weg in das Spiel. 

Im Spiel mussten die zwei 100 Karten sammeln, die sie durch unterschiedliche Wegen bekommen. Sie schafften das irgendwie und am Ende des Spieles wurden sie dann zu einem bestimmten Ort teleportiert, wo Kite, ein enger Freund seines Vaters auf ihn wartete.

Die drei gingen auf ein Gebiet wo die Chimera Ameisen hausen. Diese waren sehr gefährlich, vor allem die Königliche Garde die aus Neteropitou (die auch Kite umbrachte und Gon sehr Rachesüchtig machte), Shaiapouf und Menthuthuyoupi, kurz Youpi. Nach sehr langer Zeit schaffen die zwei Freunde diese aber zu besiegen.

Leider aber fällt Gon in eine Art Koma da er zu viel Nen benutzte. Während dieser Zeit befreite Killua seine Schwester Alluka von zu Hause die dort gefangen gehalten wurde da sie "zu gefährlich" wäre. Alluka lässt Gon dann aus seinem schweren Koma erwachen. 

Am Ende des Animes trennten Gon und Killua ihre Wege und Gon konnte endlich seinen Vater Ging finden.